Những năm vừa qua, ngành y tế cả nước nói chung, tỉnh Bắc Kạn nói riêng đều đứng trước những khó khăn, thách thức như: Hệ thống y tế chưa thích ứng và theo kịp với sự phát triển của nền kinh tế thị trường định hướng XHCN cũng như sự thay đổi của cơ cấu bệnh tật; chất lượng dịch vụ y tế chưa đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe ngày càng đa dạng của nhân dân; điều kiện chăm sóc y tế cho người dân vùng sâu, vùng xa, vùng dân tộc thiểu số còn gặp nhiều khó khăn; một số dịch bệnh nguy hiểm mới nổi diễn biến phức tạp, khó lường, ảnh hưởng không nhỏ đến cộng đồng và xã hội…Tuy nhiên toàn ngành đã đồng lòng, dốc sức, chủ động, sáng tạo trong mọi hoạt động và cơ bản đã hoàn thành mục tiêu, chỉ tiêu theo kế hoạch đặt ra trong giai đoạn 2011 - 2015.

Ngày 02/02/2016, Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 363/QĐ-BYT về việc hướng dẫn giám sát và phòng chống bệnh do vi rút Zika. Theo đó, nhiễm vi rút Zika là bệnh truyền nhiễm cấp tính do muỗi Aedes truyền và có thể gây thành dịch.

Là Đảng bộ trực thuộc Đảng bộ các cơ quan tỉnh Bắc Kạn,  Đảng bộ Sở Y tế gồm có 10 chi bộ trong đó có 03 chi bộ quản lý nhà nước và 07 chi bộ sự nghiệp gồm 147 đảng viên. Mặc dù gặp phải  nhiều khó khăn, thách thức xuất, nhưng  trong năm 2015 vừa qua, Ban thường vụ Đảng ủy đã cùng các đồng chí trong Ban giám đốc và BCH Đảng bộ tập trung lãnh đạo, chỉ đạo theo phương châm: Chọn lựa những vấn đề nổi cộm, cần thiết dành nguồn lực ưu tiên để đầu tư có trọng điểm, hiệu quả góp phần đạt các chỉ tiêu do HĐND tỉnh giao hằng năm.

Nhân dịp Tết Nguyên Đán xuân Bính Thân năm 2016, với ý nghĩa “Xuân ấm tình thương”. Vừa qua lãnh đạo Sở Y tế phối hợp với BIDV tỉnh Bắc Kạn đã đến thăm và tặng quà cho trẻ em tại Cơ sở nuôi dưỡng trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn tỉnh Bắc Kạn.